- 長榮大學Chang Jung Christian University
- 嘉南藥理大學Chia Nan University of Pharmacy & Science
- 中華醫事科技大學Chung Hwa University of Medical Technology
- 中信金融管理學院CTBC Business School
- 中信科技大學CTBC University of Technology
- 崑山科技大學Kun Shan University
- 敏惠醫護管理專科學校Min-Hwei Junior College of Health Care Management
- 南榮科技大學Nan Jeon University of Science and Technology 已停辦
- 國立成功大學National Cheng Kung University
- 國立臺南護理專科學校National Tainan Junior College of Nursing
- 國立臺南大學National University of Tainan
- 南臺科技大學Southern Taiwan University of Science and Technology
- 國立臺南藝術大學Tainan National University of the Arts
- 台灣基督長老教會南神神學院Tainan Theological College
- 台南應用科技大學Tainan University of Technology
- 台灣首府大學Taiwan Shoufu University 已停辦
- 康寧大學University of Kang Ning 已合併